2026年空间转录组系列课程

作者，Evil Genius

2026年的培训马上就要开始了~~~~

课表如下：

第一课：10X visium基础分析与多样本整合

第二课：10X visium空间注释与单细胞空间联合

第三课：10X visium百分比矩阵矫正与cell niche分析

第四课：10X visium功能生态位与cell niche注释

第五课：10X visium分子niche与细胞niche的联合分析

第六课：10X visium细胞共定位与临近性分析（共定位与排斥）

第七课：10X visium目标细胞类型的空间邻域分析

第八课：10X visium通讯分析思路汇总与课题选择

第九课：10X visium文献绘图补充

第十课：visium HD（Stereo-seq）分析模式的选择与基础分析

第十一课：visium HD（Stereo-seq）多样本整合、cell注释与ROI选择策略

第十二课：visium HD（Stereo-seq）空间分子niche与区域注释

第十三课：visium HD（Stereo-seq）空间cell niche与分子niche 的联合分析

第十四课：visium HD（Stereo-seq）不同条件下niche的比较分析

第十五课：visium HD（Stereo-seq）空间细胞的分布梯度

第十六课：visium HD（Stereo-seq）共定位与邻域分析（细胞 & 基因）

第十七课：visium HD（Stereo-seq）空间通讯分析策略

第十八课：visium HD（Stereo-seq）CNV、NMF分析

第十九课：Xenium（CosMx等）基础分析处理

第二十课：Xenium（CosMx等）空间注释策略

第二十一课：Xenium（CosMx等）ROI的选择与分子niche

第二十二课：Xenium（CosMx等）距离范围选择与cell niche分析

第二十三课：Xenium（CosMx等）空间亚群分析

第二十四课：Xenium（CosMx等）目标细胞（亚群细胞）邻域分析与临近性分析

第二十五课：Xenium（CosMx等）亚群差异分析与邻域特异性基因表达

第二十六课：Xenium（CosMx等）空间细胞的聚集性与距离密度梯度

第二十七课：Xenium（CosMx等）空间邻域的通讯分析

第二十八课：AI与多组学（基因组、单细胞空间、分子对接/分子动力学、宏基因组等）

大致课程如上，可能有1~2节课的波动，对于过去课程讲过的内容，重点部分我们进行复习，没有更新的就不多讲了，有更新的话我们补充一下。

初步计划6月20号开始上第一课。

2026学员会在课前拉一个微信群，把一部分近一年总结的一些分析资料、脚本发群里，供大家课前学习。

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