空间组学技术选择并不是越多越好，而是取决于科研问题本身。如果研究者的目标是探索未知空间表达区域、寻找新的基因模块，空间转录组具有很好的发现价值；但如果单细胞测序已经明确了细胞类型、候选marker和关键细胞状态，后续问题又集中在蛋白表达、组织原位定位和细胞邻域上，那么PCF可以作为更直接的空间蛋白组学方案。
近期，《Cell》发表的“Tumor-associated macrophages trigger MAIT cell dysfunction at the HCC invasive margin”，这篇文献没有使用空间转录组，而是采用scRNA-seq、流式和37-plexPCF(CODEX)空间蛋白成像技术组合。其原因与研究问题高度相关：作者并不是单纯要寻找肝癌组织中哪些基因在哪些区域表达，而是要理解MAIT细胞在HCC组织中的功能状态、空间浸润和邻近细胞关系。单细胞测序已经提示MAIT细胞存在细胞毒性下降、功能异常相关基因上升等状态差异；接下来更需要的是在组织切片中观察PD-1、PD-L1、CD163、CD69、TCRVa7.2等蛋白标志物如何共同出现，以及它们是否与特定组织区域相关。
PCF适合直接回答这类问题：
- 它可以在组织原位识别细胞身份，例如T细胞、MAIT细胞、TAM、Treg、NK细胞和B细胞等；
- 它可以观察关键蛋白表达，例如免疫检查点、细胞毒性分子、增殖标志物、髓系细胞状态标志物等；
- 它可以保留细胞空间坐标，分析细胞是否位于侵袭边缘、肿瘤核心或邻近组织；
- 它可以进一步计算细胞邻域，观察某类细胞是否更常与另一类细胞相邻。对于80抗体Panel的PCF80而言，这类设计可以把免疫谱系、功能状态和空间结构放到同一张组织切片中观察。
从应用场景看，适合直接选择PCF的课题通常有几个特点：研究对象已经较明确，关注的是已知细胞群或候选marker；问题更偏向蛋白层功能状态，而不是全基因表达探索；样本类型更接近病理组织观察，例如FFPE或有限量组织样本；研究需要比较肿瘤核心、侵袭前沿、间质区、血管周围、TLS附近等组织区域。以这篇文献为例，MAIT细胞的功能异常并不能只通过“是否存在”来理解，还需要观察它们是否靠近PD-L1+ CD163+ TAM，是否处于邻近肝组织或侵袭边缘等空间生态位。
因此，不一定先做空转，并不是说空间转录组不重要，而是强调技术路线应服务于问题。如果研究处于早期探索阶段，空间转录组可以提供转录层面的空间线索；如果研究已经由单细胞测序锁定了细胞群和候选marker，并且下一步要看蛋白状态、空间位置和细胞邻域，PCF可以成为更高效、更聚焦的组织原位方案。对于肿瘤微环境、炎症组织、纤维化和免疫相关基础研究，PCF的价值在于让研究者从“细胞转录状态”进一步走向“组织中的蛋白状态和空间关系”。
【说明】本文仅为科研技术方法介绍，不涉及疾病诊断、治疗建议、疗效预测、用药指导或临床决策。文中提及研究发现均来自学术文献，相关分析结果需结合更多实验和研究进一步观察与复核，不构成任何医疗意见。
【参考文献】
Ruf et al., Tumor-associated macrophages trigger MAIT cell dysfunction at the HCC invasive margin, Cell, 2023.
