一、残基不全问题
该问题一般出现于使用电镜解析结构跑MD的时候，主要是因为有些质量密度分辨率不足，只能确定部分原子的位置，从而出现了少于标准残基原子数的残基，导致GROMACS无法识别。该问题从GROMACS的报错中可能无法判断出问题残基的位置，因此我们可以按如下步骤检查和修改。
解决办法：
# 输入这个，换成自己的pdb名和待检查的res grep "^ATOM" input.pdb | grep "LYS" | cut -c 22-27 | uniq -c # 检查实例 9 A 341 9 A 355 9 B 12 4 B 104 <-- 【注意看这里！】 9 B 211 # 您会得到如上信息，第一个数字是原子数，这个B链104位的LYS明显少于标准原子数9 # 打开chimerax对pdb文件进行处理，在下方命令行输入该指令（可以批量处理） swapaa #1/B: 104 LYS # 如果该结构质量比较低每种残基都有问题，大家可以试下pdbfixer，需下载软件 pdbfixer input.pdb --add-atoms=heavy --output=fixed_perfect.pdb二、链内存在非蛋白成分
可能是结构存储时存入了辅酶、ATP等非蛋白分子；也可能是CAVER等工具写入了HETATM（这是一个占位原子，用原子表征人工添加的特征从而使ChimeraX和pymol得以完成可视化）。检测及修改方法如下：
# 输入以下指令检查“HETATM” grep "^HETATM" fixed_perfect.pdb | awk '{print $4}' | sort | uniq # 打开chimerax，删除非蛋白成分 delete ~protein三、NPT显示memory不足崩溃的情况
在我该栏目其他文章中有类似“NPT是最容易出问题的MD步骤”的表述，这是因为该步恒压变化需要改变体系的体积。当结构中出现距离明显过近存在冲突的原子时会出现这种报错，下面为大家展示一下范德华力随距离变化的图像。
可见当结构存在过近甚至重合的原子时范德华力呈无穷大的趋势，因此在该步原子会直接崩出“十万八千里”
解决方法：
# ChimeraX，举例 select /A # 上方选项栏-->Right Mouse-->Move Atoms-->把两条链拉开一点之后重新从头跑整个MD流程
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