OpenMed 临床领域标签目录(Clinical Domain Label Catalog)完整解读:零样本 NER 标签体系、风险分级与离线覆盖率门禁
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导读:本文基于 OpenMed 仓库中的 docs/clinical-domains.md 临床领域标签目录,系统讲解 OpenMed 零样本 NER / 临床信息抽取的领域标签体系——从 40+ 领域分组的显示标签(display label)、规范标签(canonical label)、政策类别与风险等级、编码系统提示(system hints),到 fixture 驱动的离线覆盖率评估门禁与benchmark domain-coverage命令的完整用法。读完本文,你将能够理解 OpenMed 各类临床模型输出的标签如何被归一化到统一规范词汇表,知道哪些领域有配套合成 fixture 可供离线评测,并能独立运行覆盖率门禁验证标签映射的完整性。注意:本文目录仅用于离线评估与评审工作流规划,不构成临床指导,不得用于推断诊断、治疗、编码或报销决策。
目录体系概览:从显示标签到规范标签的归一化
OpenMed 的临床领域标签目录是一份从零样本领域标签映射(zero-shot domain label map)与规范标签元数据(canonical label metadata)生成的目录。整份目录由若干领域分组(domain)组成,每个领域分组下列出若干标签(Label),每个标签都绑定 5 列结构化元数据:
| 列 | 含义 | 取值示例 |
|---|---|---|
| Label | 显示标签,即零样本标签映射中实际出现的标签名 | Disease、VaccineName、Zygosity |
| Canonical Label | 归一化后的规范标签(UPPER_SNAKE_CASE) | DISEASE、VACCINE_NAME、ZYGOSITY |
| Category | 政策类别(policy class) | CLINICAL_CONCEPT、DIRECT_IDENTIFIER、QUASI_IDENTIFIER |
| Risk Level | 风险等级 | low、medium、high |
| System Hints | 建议的编码系统(terminology hints) | ICD-10-CM、SNOMED、HPO、RxNorm、LOINC |
| Fixture Path | 配套合成 fixture 文件(相对仓库根目录) | tests/fixtures/clinical/immunization.jsonl或Not shipped |
这份目录的数据源头有两个:其一是零样本领域标签映射 openmed/zero_shot/data/label_maps/defaults.json(每个领域分组的显示标签列表与之完全一一对应);其二是规范标签元数据 openmed/core/labels.py(提供 canonical label、policy class、risk level、system hints 的定义)。
为什么需要规范标签(Canonical Label)归一化
从 openmed/core/labels.py 的模块注释可以看到,OpenMed 的不同 PII / 生物医学 NER 模型家族使用不同的标签命名约定:
- 英语 / 多语种 SuperClinical 模型使用小写
snake_case(如first_name、date_of_birth); - 葡萄牙语模型暴露 52 个大写标签(如
FIRSTNAME、DATEOFBIRTH); - privacy-filter 模型家族输出 BIOES 标签(如
B-NAME、I-EMAIL、E-ADDRESS、S-PHONE); - 生物医学 NER 家族输出大写与 snake_case 混合的概念(如
DISEASE、simple_chemical、gene_or_gene_product)。
因此labels.py定义了单一的CANONICAL_LABELS规范词汇表(统一为UPPER_SNAKE_CASE)以及normalize_label帮助函数,把上述所有输入形式映射到规范名称。下游代码(匿名化、映射表、配置)只应基于规范标签工作——这正是本文目录中 Canonical Label 一列存在的意义:它让目录中的显示标签、模型原始输出与下游策略处理共享同一套词汇。
领域分组全表:40+ 临床与非临床领域
目录按领域分组呈现,下面按文档顺序完整列出各领域及其标签元数据(Category、Risk、System Hints、Fixture 均以文档为准)。
基础生物医学与临床领域(Biomedical / Clinical)
Biomedical(对应 defaults.json 的biomedical键):Disease → DISEASE(low,ICD-10-CM/SNOMED/HPO)、Drug → DRUG(low,RxNorm/SNOMED)、Gene → GENE(low,SNOMED/HPO)、Organism → ORGANISM(low,SNOMED),全部Not shipped。
Clinical:Problem → PROBLEM(medium,ICD-10-CM/SNOMED/HPO)、Treatment → OTHER(low)、Test → LAB_TEST(low,LOINC/SNOMED)、BodyPart → BODY_SITE(low,SNOMED),全部Not shipped。
注意Problem在目录中被标记为medium风险。从 openmed/core/labels.py 的注释可以看到设计意图:自由文本问题/适应证文本与结果值保持 medium 风险,是为了让罕见疾病与独特测量值对风险工具可见;而它们的政策类别仍为CLINICAL_CONCEPT,因此不会进入默认的 PII 脱敏范围。
基因组学领域(Genomic / Genomic Variant)
Genomic:Variant → VARIANT_DESCRIPTOR、Gene → GENE、Transcript → OTHER、Phenotype → OTHER,全部 low 风险、Not shipped。
Genomic Variant(对应genomic_variant键,首个带 fixture 的领域):GeneSymbol → GENE_SYMBOL、VariantDescriptor → VARIANT_DESCRIPTOR、ProteinChange → PROTEIN_CHANGE、Zygosity → ZYGOSITY、AlleleFrequency → OTHER、ClinicalSignificance → CLINICAL_SIGNIFICANCE、ReferenceTranscript → OTHER,全部 low 风险,fixture 均为 tests/fixtures/clinical/genomic_variant.jsonl。这些规范标签在 openmed/core/labels.py 中定义为 issue #906 的临床基因组变异提及概念。
非临床通用领域(Finance / Legal / News / Ecommerce / Cybersecurity / Chemistry / Organism / Education / Social)
这部分领域多为跨域抽取场景(如财务文本、新闻、电商、网络安全通告),其标签大多归类为CLINICAL_CONCEPT/OTHER且低风险(属于标签归一化的"兜底"处理),但其中两个领域具有真正的标识符语义:
- News:
Person → PERSON(high,DIRECT_IDENTIFIER)、Organization → ORGANIZATION(medium,QUASI_IDENTIFIER)、Location → LOCATION(medium,QUASI_IDENTIFIER)、Date → DATE(medium,QUASI_IDENTIFIER),全部Not shipped; - Social:
Person → PERSON(high,DIRECT_IDENTIFIER)、Handle → OTHER、Hashtag → OTHER、URL → URL(high,DIRECT_IDENTIFIER),全部Not shipped; - Generic:与 News 相同的
Person/Organization/Location/Date四件套,风险分级一致。
其余如Finance(Company → ORGANIZATION 为 medium/QUASI_IDENTIFIER)、Legal、Ecommerce、Cybersecurity、Chemistry(其中Unit → UNIT,LOINC/SNOMED)、Organism(Species → SPECIES)、Education均为Not shipped且大多为 low/OTHER。
专科临床领域(Public Health / Disease / Pharmaceutical / Oncology / Anatomy / Genomics / Chemical / Species / Protein / Pathology / Hematology / Cardiology / Microbiology / Dermatology / Ophthalmology / Radiology)
- Public Health:
Condition → CONDITION(ICD-10-CM/ICD-10-CN/SNOMED,注意这里额外包含中国 ICD-10-CN 提示)、Intervention → PROCEDURE、Outcome → OTHER、Population → OTHER,全部Not shipped; - Disease:
Disease → DISEASE、Condition → CONDITION、Pathology → PATHOLOGY,全部Not shipped; - Pharmaceutical:
Chemical → CHEMICAL、Drug → DRUG、Medication → MEDICATION(RxNorm/CN-DRUG/SNOMED,含中国药品编码 CN-DRUG),全部Not shipped; - Oncology:18 个标签(Oncotree 风格,如
SimpleChemical → CHEMICAL、Cancer → CANCER、GeneOrGeneProduct → GENE_OR_GENE_PRODUCT、Tissue → TISSUE、PathologicalFormation → PATHOLOGY等),全部 low 风险、Not shipped; - Anatomy:
Organ → ORGAN、Tissue → TISSUE、Anatomy → ANATOMY; - Genomics:
GeneOrGeneProduct → GENE_OR_GENE_PRODUCT、Gene → GENE、Protein → PROTEIN、DNA → DNA、RNA → RNA、CellLine → CELL、CellType → CELL; - Chemical:
SimpleChemical/Chemical → CHEMICAL、Drug → DRUG、Medication → MEDICATION; - Species:
Organism → ORGANISM、Species → SPECIES; - Protein:
GeneOrGeneProduct → GENE_OR_GENE_PRODUCT、Protein/ProteinComplex/ProteinEnumeration/ProteinFamilyOrGroup/ProteinVariant → PROTEIN; - Pathology:
Disease/Condition/Pathology三件套; - Hematology:
Cancer → CANCER、Disease → DISEASE、CellLine → CELL; - Cardiology:
CardiacFinding/ECGFinding/EjectionFraction/CardiacProcedure/CardiacDevice → OTHER、Anatomy → ANATOMY; - Microbiology:
Microorganism → MICROORGANISM(SNOMED/LOINC)、Antibiotic → ANTIBIOTIC(RxNorm/SNOMED)、Susceptibility → SUSCEPTIBILITY(LOINC/SNOMED)、SpecimenSource/CultureResult → OTHER; - Dermatology:
SkinLesion/Morphology/Distribution → OTHER、Anatomy → ANATOMY; - Ophthalmology:
EyeFinding/VisualAcuity/IntraocularPressure → OTHER、Anatomy → ANATOMY; - Radiology(首个专科带 fixture 领域):
Finding → FINDING、ImagingModality → IMAGING_MODALITY、Anatomy → ANATOMY、Laterality → LATERALITY、Measurement → MEASUREMENT(LOINC/SNOMED)、Impression → FINDING,fixture 为 tests/fixtures/clinical/radiology_finding.jsonl。Radiology 概念在 openmed/core/labels.py 中标注为 issue #1971 引入。
FHIR 对齐的护理记录领域(Anesthesia / Nutrition Diet / Endocrinology / Gastroenterology / Nephrology Renal / Immunization / Allergy Intolerance / Pulmonology / Pediatrics Growth / Procedures / Nursing Observation)
这一组领域是目录中最"重"的部分——它们大多拥有已提交的合成 span fixture,且部分领域带有 FHIR 资源映射对齐说明:
- Anesthesia(issue #952):
AnesthesiaType → ANESTHESIA_TYPE、AnestheticAgent → ANESTHETIC_AGENT(RxNorm/SNOMED)、AirwayManagement → AIRWAY_MANAGEMENT、ASAClass → ASA_CLASS、MonitoringModality/IntraoperativeEvent → OTHER,fixture 为 tests/fixtures/clinical/anesthesia.jsonl; - Nutrition Diet(issue #951):
DietType → DIET_TYPE、NutritionTarget → NUTRITION_TARGET、Supplement → OTHER、FeedingRoute → FEEDING_ROUTE、IntakeFinding → OTHER、NutritionalStatus → NUTRITIONAL_STATUS、FluidRestriction → OTHER,fixture 为 tests/fixtures/clinical/nutrition_diet.jsonl; - Endocrinology(issue #895):
GlycemicMeasure → GLYCEMIC_MEASURE、ThyroidFunctionMeasure → THYROID_MEASURE、HormoneLevel → HORMONE_LEVEL、InsulinRegimen → INSULIN_REGIMEN、MetabolicFinding → CONDITION(ICD-10-CM/ICD-10-CN/SNOMED)、EndocrineGland → BODY_SITE,fixture 为 tests/fixtures/clinical/endocrinology.jsonl; - Gastroenterology(issue #894):
EndoscopicFinding → ENDOSCOPIC_FINDING、GISymptom → GI_SYMPTOM、BowelPrepQuality → GI_SCORE、BiopsySite → BODY_SITE、GIScore → GI_SCORE、LesionMorphology/PolypDescriptor → POLYP_DESCRIPTOR,fixture 为 tests/fixtures/clinical/gastroenterology.jsonl; - Nephrology Renal(issue #892):
RenalFunctionMeasure → RENAL_FUNCTION_MEASURE、CKDStage → CKD_STAGE、DialysisModality → DIALYSIS_MODALITY、UrineFinding → URINE_FINDING、FluidStatus/RenalReplacementAccess/ElectrolyteDisturbance → OTHER,fixture 为 tests/fixtures/clinical/nephrology_renal.jsonl; - Immunization:见下节 FHIR 对齐说明,fixture 为 tests/fixtures/clinical/immunization.jsonl;
- Allergy Intolerance:见下节 FHIR 对齐说明,fixture 为 tests/fixtures/clinical/allergy_intolerance.jsonl;
- Pulmonology(issue #893):
SpirometryMeasure → SPIROMETRY_MEASURE、OxygenSupport → OXYGEN_SUPPORT、RespiratoryFinding → RESPIRATORY_FINDING、DyspneaGrade → DYSPNEA_GRADE、LungAuscultation → RESPIRATORY_FINDING、PFTInterpretation → OTHER、AirwayDevice → AIRWAY_MANAGEMENT,fixture 为 tests/fixtures/clinical/pulmonology.jsonl; - Pediatrics Growth(issue #896):
GrowthParameter → GROWTH_PARAMETER(SNOMED/LOINC)、GrowthPercentile/GrowthZScore → GROWTH_PERCENTILE、DevelopmentalMilestone → DEVELOPMENTAL_MILESTONE、FeedingHistory → NUTRITIONAL_STATUS、PediatricFinding → CONDITION,fixture 为 tests/fixtures/clinical/pediatrics_growth.jsonl; - Procedures:
Procedure/Surgery/DiagnosticProcedure → PROCEDURE、Device → DEVICE、Approach → OTHER,全部Not shipped; - Nursing Observation(issue #910):
IntakeOutput → INTAKE_OUTPUT(LOINC/SNOMED)、LineDrainTube → LINE_DRAIN_TUBE、RiskScore → NURSING_RISK_SCORE、MobilityStatus/PainScore → OTHER、CareIntervention → CARE_INTERVENTION、SkinAssessment → BODY_SITE,fixture 为 tests/fixtures/clinical/nursing_observation.jsonl。
FHIR 资源对齐说明(Immunization 与 Allergy Intolerance)
目录中两个领域带有显式的 FHIR 对齐段落,属于"提取元数据"层面的设计,需要特别注意其边界声明:
Immunization 领域:显示标签是为规划的 OM-138 FHIR Immunization 导出器塑形的——VaccineName映射到vaccineCode、DoseNumber映射到protocolApplied.doseNumber[x]、AdministrationRoute映射到route、AdministrationSite映射到site、VaccineLot映射到lotNumber、AdministrationDate映射到occurrence[x]、VaccineSeries映射到protocolApplied.series。文档明确声明:这只是提取元数据,不创建导出器、推荐、剂量或排程逻辑。对应规范标签定义在 openmed/core/labels.py(issue #897)。
Allergy Intolerance 领域:显示标签为规划的 OM-138 FHIR AllergyIntolerance 导出器塑形——Allergen映射到code、ReactionManifestation映射到reaction.manifestation、ReactionSeverity映射到reaction.severity、Criticality映射到criticality、AllergyType映射到type、OnsetContext映射到onset。文档明确声明:这只是描述性提取元数据,不是禁忌症检查、药物-过敏交叉核对、推荐或临床决策逻辑。对应规范标签定义在 openmed/core/labels.py(issue #865)。
编码系统提示(System Hints)的语义
System Hints 列给出每个标签建议归属的编码系统,用于规划术语落地(grounding),而非实际绑定术语数据。其取值范围在 openmed/core/labels.py 中定义为:RxNorm、LOINC、ICD-10-CM、ICD-10-CN(中国 ICD-10)、CN-DRUG(中国药品编码)、HPO(人类表型本体)、SNOMED。可以观察到以下规律:
- 疾病/表型类(Disease、Cancer、Pathology、Problem)→
ICD-10-CM, SNOMED, HPO; - 药品/化学品类(Drug、Medication、AnestheticAgent、VaccineName、Allergen)→
RxNorm, SNOMED,涉及中国场景时追加CN-DRUG; - 检验/测量类(Test、Measurement、Susceptibility、GrowthParameter)→
LOINC, SNOMED; - 解剖/结构类(BodyPart、Anatomy、Organ、Tissue、BiopsySite)→ 仅
SNOMED; - 目录中大量
OTHER标签的系统提示为SNOMED, ICD-10-CM, HPO, RxNorm, LOINC五系统全集,表明这是未细分时的兜底提示。
风险分级与政策类别:脱敏策略如何参考本目录
每个标签的Category与Risk Level直接来自 openmed/core/labels.py 中的政策元数据:
- 政策类别
POLICY_LABELS共四类:DIRECT_IDENTIFIER(直接标识符)、QUASI_IDENTIFIER(准标识符)、SENSITIVE_ATTRIBUTE(敏感属性)、CLINICAL_CONCEPT(临床概念); - 风险等级
RISK_LEVELS三档:low、medium、high; _label_metadata还根据政策类别推断标签"种类"(kind):政策类别为CLINICAL_CONCEPT时记为BIOMEDICAL,否则记为PII。
本目录中的临床领域标签几乎全部为CLINICAL_CONCEPT / low——它们不会进入默认 PII 脱敏;而 News/Social/Generic 领域的Person → PERSON(high / DIRECT_IDENTIFIER)、Organization(medium / QUASI_IDENTIFIER)、Location(medium)、Date(medium)、URL(high)则是真正的隐私风险标签。这与 openmed/core/labels.py 中LABEL_METADATA的逐标签定义一致(如PERSON: DIRECT_IDENTIFIER, high;DATE: QUASI_IDENTIFIER, medium;LOCATION: QUASI_IDENTIFIER, medium)。
从源码结构看,这份分级还可支撑多个下游机制:例如 NDPA 敏感数据类别映射(openmed/core/labels.py 中NDPA_SENSITIVE_CLASS_LABELS将GENE_SYMBOL、VARIANT_DESCRIPTOR、CKD_STAGE、GLYCEMIC_MEASURE等临床规范标签归入NDPA_HEALTH_STATUS健康状态敏感类);同时目录风险等级也可作为评审工作流中风险评估的输入(见 openmed/core/review_workflow.py)。
Fixture 支撑矩阵:哪些领域可离线评估
目录的Fixture Path列是关键实战信息:所有标记为Not shipped的领域仅有标签映射而无合成语料;只有下列领域带有已提交的合成 span fixture(均为仓库内真实存在的文件):
| 领域 | Fixture 文件(相对仓库根目录) |
|---|---|
| Genomic Variant | tests/fixtures/clinical/genomic_variant.jsonl |
| Radiology | tests/fixtures/clinical/radiology_finding.jsonl |
| Anesthesia | tests/fixtures/clinical/anesthesia.jsonl |
| Nutrition Diet | tests/fixtures/clinical/nutrition_diet.jsonl |
| Endocrinology | tests/fixtures/clinical/endocrinology.jsonl |
| Gastroenterology | tests/fixtures/clinical/gastroenterology.jsonl |
| Nephrology Renal | tests/fixtures/clinical/nephrology_renal.jsonl |
| Immunization | tests/fixtures/clinical/immunization.jsonl |
| Allergy Intolerance | tests/fixtures/clinical/allergy_intolerance.jsonl |
| Pulmonology | tests/fixtures/clinical/pulmonology.jsonl |
| Pediatrics Growth | tests/fixtures/clinical/pediatrics_growth.jsonl |
| Nursing Observation | tests/fixtures/clinical/nursing_observation.jsonl |
这一矩阵与覆盖率门禁实现 openmed/eval/domain_coverage.py 中的CLINICAL_DOMAIN_FIXTURE_NAMES映射完全一致(anesthesia、endocrinology、gastroenterology、genomic_variant、immunization、nephrology_renal、nursing_observation、nutrition_diet、pediatrics_growth、pulmonology、radiology共 11 个领域),其注释明确写道:其余打包的标签映射是 legacy 或在 docs/clinical-domains.md 中被显式标记为 "Not shipped",不属于本临床 fixture 门禁范围。
Fixture 文件结构示例
以 tests/fixtures/clinical/immunization.jsonl 第一条记录为例,可以看到合成语料的组织方式:
{"text": "Tdap vaccine, dose 1 of 2, was administered intramuscularly in the left deltoid on 2026-03-14 from lot A123B as series 1 of 2. ...", "metadata": {"synthetic": true, "disclaimer": "..."}, "entities": [{"label": "VaccineName", "start": 0, "end": 12, "text": "Tdap vaccine"}, {"label": "DoseNumber", "start": 14, "end": 25, "text": "dose 1 of 2"}, {"label": "AdministrationRoute", "start": 44, "end": 59, "text": "intramuscularly"}, {"label": "AdministrationSite", "start": 67, "end": 79, "text": "left deltoid"}, {"label": "AdministrationDate", "start": 83, "end": 93, "text": "2026-03-14"}, {"label": "VaccineLot", "start": 103, "end": 108, "text": "A123B"}, {"label": "VaccineSeries", "start": 112, "end": 125, "text": "series 1 of 2"}]}每条记录包含text(合成文本)、metadata(含synthetic: true标记与免责声明)和entities(label + start/end 偏移 + 表面文本)。tests/fixtures/clinical/radiology_finding.jsonl 采用结构化 gold 形式(finding、laterality、size_value、location等字段 +provenance_spans偏移),覆盖Finding/Laterality/Measurement/Anatomy等标签。所有 fixture 均为合成数据,不包含真实患者数据,可安全用于离线评测。
离线覆盖率评估:clinical_domain_coverage 门禁
门禁定位与运行方式
文档给出的标准验证命令为(在仓库根目录执行):
openmed benchmark domain-coverage --json --output domain-coverage.json该命令由 openmed/cli/main.py 注册为benchmark子命令domain-coverage,其 help 文本为 "Gate shipped clinical label maps against synthetic span fixtures."(用合成 span fixture 门禁已发布的临床标签映射)。门禁对应的评估套件名为clinical_domain_coverage,实现在 openmed/eval/domain_coverage.py 中,其职责是:验证每个已发布的显示标签在合成 fixture 中有非空 span,且 fixture 标签都能解析到规范标签目录。
命令行参数
domain-coverage子命令支持以下参数(源自 openmed/cli/main.py):
| 参数 | 类型 | 说明 |
|---|---|---|
--domain DOMAIN | 可重复(append) | 只检查指定领域;可重复传入以选择离线覆盖范围 |
--label-map PATH | Path | 覆盖默认零样本标签映射(本地 JSON label map) |
--fixture-dir PATH | Path | 覆盖默认合成临床 JSONL fixture 目录 |
--output PATH | Path | 输出机器可读的覆盖率摘要文件 |
--markdown-output PATH | Path | 输出聚合 Markdown 覆盖率报告 |
--json | flag | 以 JSON 格式输出(文档示例命令使用) |
默认的标签映射路径与 fixture 目录在 openmed/eval/domain_coverage.py 中定义:标签映射默认指向openmed/zero_shot/data/label_maps/defaults.json,fixture 目录默认指向tests/fixtures/clinical。
失败条件与证据边界
门禁在以下任一情况判定失败:
- 缺失 fixture(missing fixture):某领域应有 fixture 但找不到文件;
- 孤儿标签(orphan label):标签映射中存在显示标签,但无法解析到规范标签目录(
CANONICAL_LABELS); - 无效偏移(invalid offset):fixture 中实体偏移越界或格式非法;
- 无 span 标签(label with no span):某显示标签在 fixture 中没有任何非空 span。
门禁的证据边界是其关键设计:报告只包含领域名、标签、偏移与计数;fixture 文本永不输出(openmed/eval/domain_coverage.py 的模块注释明确说明这是"泄漏优先"(leakage-first)设计——避免把合成语料内容复制进报告或失败消息)。数据结构上,CoverageOffset 只暴露line/start/end/length而不暴露表面文本;LabelCoverage 聚合 label、canonical_label、span_count、fixture_count 与 offsets;CoverageIssue 记录 domain、label、line、reason 等文本无关的失败证据。
实战:验证标签映射完整性的完整流程
结合上文,一套可复现的离线验证流程如下:
- 全量运行门禁(仓库根目录):
openmed benchmark domain-coverage --json --output domain-coverage.json- 定向检查单个领域(如免疫接种),并生成可读报告:
openmed benchmark domain-coverage --domain immunization --markdown-output immunization-coverage.md- 使用自定义标签映射与 fixture 目录(例如本地新增领域评测):
openmed benchmark domain-coverage \ --label-map ./my-label-map.json \ --fixture-dir ./my-fixtures \ --json --output my-coverage.json- 解读报告:确认每个
CLINICAL_DOMAIN_FIXTURE_NAMES中的领域都有非空 span 计数(span_count > 0),且每个显示标签都解析到目录中声明的 canonical label;若出现孤儿标签或缺失 fixture,则对应领域需要补充或修正标签映射 / 合成语料。
使用边界与声明
本目录的使用边界在文档开头的免责声明与各领域注释中反复强调,必须严格遵守:
- 目录仅用于离线评估与评审工作流规划,不构成临床指导,不得用于推断诊断、治疗、编码或报销决策;
- Immunization / Allergy Intolerance 的 FHIR 对齐仅描述提取元数据的字段映射意图,不创建导出器、不提供推荐/剂量/排程逻辑、不是禁忌症检查或药物-过敏交叉核对;
- Fixture 均为合成数据,报告中不输出任何 fixture 文本;
- 目录从打包的零样本领域标签映射与规范标签元数据生成,若改动 defaults.json 或 labels.py 中的规范标签定义,应重新运行
domain-coverage门禁验证一致性。
延伸阅读:本目录所依赖的规范标签词汇表与归一化逻辑见 openmed/core/labels.py,零样本领域标签映射源文件见 openmed/zero_shot/data/label_maps/defaults.json,覆盖率门禁实现见 openmed/eval/domain_coverage.py,合成 fixture 目录见 tests/fixtures/clinical。零样本 NER 的上手方式可参考 docs/zero-shot-ner.md 与 docs/zero-shot-howto.md。
【免费下载链接】openmedLocal-first healthcare AI: clinical NER & HIPAA PII de-identification that runs 100% on-device. 2,200+ medical models, 21 languages, Apple MLX + Python, no cloud, no patient data leaving your network. Apache-2.0项目地址: https://gitcode.com/GitHub_Trending/ope/openmed
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