距离3D空间转录组还有多远？

作者，Evil Genius

今天我们讨论一个问题，那就是3D空间转录组，这个方向其实很早就提出了。

其中最让人期待的文章是这个

据说很不错，但是目前没人用过。

也有一些其他的文章努力做3D空间转录组，例如

还有

或者

还有个最笨的方法，就是连续切片

那么3D空间转录组何时能够商业化并且让科研工作者运用起来呢？目前来看，还是不够成熟，处于研发阶段，而且大概率，需要依靠国外的研究者了。

今天我们分享一个3D的方法，文章在

Deep-STARmap和Deep- RIBOmap两项技术，能够在60–200微米厚的完整组织块中实现三维（3D）原位基因转录组与翻译活性的同步量化。

现有空转的缺陷

通量低（通常＜300基因），成像区域有限；

依赖线性编码与RNA完整性，检测效率低、可扩展性差；

多轮成像中RNA分子位移导致周期受限；

缺乏翻译组空间定位能力，无法同步解析单细胞翻译活动。

Deep-STARmap与Deep-RIBOmap工作流程总结

两种方法均基于以下流程：先使用预设计的寡核苷酸探针（分别靶向总RNA或核糖体结合RNA）在PFA固定组织中杂交，再进行水凝胶包埋。随后通过蛋白质消化与脂质去除增强酶渗透性，确保厚组织样本的检测深度。通过酶连接与滚环扩增（RCA）合成原位cDNA扩增子，每个扩增子包含预设的基因特异性标识符，最终通过循环测序（SEDAL测序法）进行解码。

鼠脑的验证

使用Tetbow对分子细胞类型进行单细胞形态学分析

Deep-STARmap在人类皮肤鳞状细胞癌（cSCC）中的应用总结

技术虽然一直在更新，那么何时能用上3D空间转录组呢？

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